Sesuai dengan Peraturan Menteri Perumahan dan Kawasan Permukiman Nomor 1 Tahun 2025 Pasal 4 dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 4, Balai Pelaksana Penyediaan Perumahan dan Kawasan Permukiman Papua II menyelenggarakan fungsi:
 

1. Penyusunan program dan anggaran pelaksanaan perumahan dan pengembangan kawasan permukiman.  
2. Pelaksanaan pembangunan Rumah Susun (Rusun), Rumah Khusus (Rusus), Rumah Swadaya, serta Prasarana, Sarana, dan Utilitas umum (PSU) perumahan. 
3. Pelaksanaan koordinasi, dukungan penataan, serta peningkatan kualitas kawasan permukiman pascabencana dan kerusuhan sosial.  
4. Pelaksanaan koordinasi penyediaan lahan, pengembangan hunian, serta pemanfaatan dan penghunian perumahan.  
5. Pelaksanaan pemantauan, evaluasi, pengelolaan data, dan informasi perumahan serta kawasan permukiman.  
6. Pelaksanaan fasilitasi bina usaha, perlindungan konsumen, serta forum perumahan dan kawasan permukiman.  
7. Pelaksanaan fasilitasi serah terima aset (hibah infrastruktur).  
8. Pelaksanaan reformasi birokrasi, pembangunan zona integritas (ZI), sistem pengendalian intern, dan manajemen risiko internal.  
9. Pelaksanaan urusan tata usaha, kepegawaian, keuangan, umum, rumah tangga, komunikasi publik, serta layanan hukum balai.